奇门遁甲预测的方法论是：
　　1、根据客观事物的不同属性，将客观事物进行分类。然后用不同的“符号”作为不同类事物的代表……
　　2、用这些“符号”与“符号”之间的关系来代换其所代表的具体事物之间的关系。
　　3、运用五行生克规律进行推导，并把“符号”之间的推导结论还原为具体事物发展的结论。
　　我们知道，在现实生活中，在一事物产生之前，我们要知道产生该事物的全部的或主要的原因，都是十分困难的。有时候甚至在该事物产生之后都无法知道。这就为人类的预测出了一个难题。而在一事物产生之前无法完全知道产生该事物的全部的或主要的原因，也正是利用现代数学方法诸如概率论等进行预测时的最大障碍。在这里指出的奇门遁甲预测的方法论，实质上是一个以客观事物可预测性为基本前提的符号预测方法体系。一如所言，这种方法的核心是具有一定属性（阴阳五行属性）的符号对具有相应属性事物的代换。在这一代换体系中，不同事物与时间都被代换成相应的符号，都具有相应的属性。不同的时间横断面通过“符号”体系与各种不同事物之间建立起了对应关系。于是，人们就可通过观察不同时间横断面的符号与符号之间的关系，运用五行生克规律推导出一定的结论，并把它还原为具体事物发展的结论。那么，这些结论是否可靠呢？也即奇门遁甲预测的方法论是否科学呢？

奇门遁甲预测的方法论是否科学——主要看两点：奇门遁甲
　　1、所用的推导规律，即五行生克规律是否反映或符合客观事物的运动规律？
　　2、“符号”的属性是否反映或符合其所代表的具体事物的根本属性？
　　——关于第1点
　　五行生克规律在中医学领域的成功应用（阴阳五行学术是中医学的主要理论），说明五行生克规律基本上能反映客观事物的运动规律。
　　——关于第2点
　　在不进行充分实证的情况下，“符号”与具体事物之间的代表与被代表关系，只能是一些尚待科学证明的“假设”。
　　——而这些“假设”在未被证明之前，则会有三种可能的情况。
　　第一种情况是：这些“假设”全部成立，
　　第二种情况是：这些“假设”全部不成立；
　　第三种情况是：一部分“假设”不成立；一部分“假设”成立。
　　——显然，第一种情况是不可能的；
　　第二种情况也不可轻下结论——因为如果现在就作出结论，确认第二种情况的话，则这一结论就是未经任何实践检验和科学证明的结论。而不经实践检验和科学证明的结论是不科学的结论。
　　所以，只有第三种情况才符合科学的实验精神和科学的探索精神。而从第三种情况出发，我们就可以作出这样的科学猜想——古典奇门遁甲预测的方法论，包含有一定的科学成份，值得我们研究探讨。
　　思谋星生奇门学院总结：我们都知道影响我们吉凶祸福的不只是地球空间慨念的方向，日出日落，月圆月缺，春去秋来，无不与我们的生活息息相关；而日出日落春去秋来是宇宙星体随着时间变化的运转结果；相同的空间、方向，在不同的时间，以宇宙观来看其实是完全不同的。